Ao efetuar a importação do SPED ICMS para o sistema, pode ser que apresente erro de diferença ''Valor total da nota não bate com o valor contábil dos itens''.
O motivo do erro precisa ser avaliado em cada caso, porém, um dos motivos que ocorre é quando está escriturando as entradas por item, e no SPED ICMS possui o valor de frete ou de despesas acessórias, e dentro do sped não possui essa informação separada por itens, portanto na importação não conseguimos vincular o valor do frete para cada item corretamente.
Caso o usuário desejar informar os valores de cada item corretamente, deverá editar os itens e inserir qual valor correspondente para cada item. Ou também é possível, caso a empresa esteja habilitada para utilizar e consultar as notas pelo portal contabit, efetuar uma possível correção pelo XML dessas notas.
Para isso em Movimento > Fiscal > Nota Fiscal de Entrada > Importar > Importar do Portal > Consultar > Irá filtrar pela origem SPED e marcar as C/Pendência > Opções > Corrigir Totais pelo XML.
Com essa função o sistema tentará verificar o XML e corrigir a informação das notas importadas pelo SPED. Entretanto, nem sempre será possível a correção de todas as notas por essa opção, e nesse caso as que faltarem, poderá editar manualmente e ajustar.
Uma segunda opção para corrigir a diferença e alocar os valores de frete e despesas acessórias para cada item é utilizando a opção do sistema em Movimento > Fiscal > Nota fiscal de entrada > Opções > Ver erros > Irá aparecer os erros das notas, e o erro que é devido a diferença, e se for devido ao frete e as despesas acessórias, o sistema irá alocar para cada item de forma proporcional.

Isso significa que irá corrigir o erro, entretanto dificilmente estará alocado corretamente o valor do frete e das despesas acessórias para cada item corretamente como foi emitido no XML, e irá efetuar o cálculo proporcional para cada item da nota fiscal

Para alocar o valor de cada item, será efetuado proporcional ou seja:
(Valor do Item / Valor total da nota) * Valor do Frete total ou da Despesa Acessória.