A prefeitura de São Paulo não disponibiliza as notas em XML, somente por planilha CSV ou TXT. Devido a isso, possui um layout para efetuar essa importação das notas fiscais de serviço por esses arquivos.
Para conseguir, o usuário deve habilitar o layout na empresa, em Cadastro > Empresa > Dados cadastrais > Visualizar > Dados Adicionais > Layout Arquivo > Adicionar o layout.

Obs: Caso o layout não estiver disponível para selecionar, entre em contato com o suporte para incluirmos o layout no banco.
Com o layout selecionado, o usuário irá importar as notas pela rotina Movimento > Fiscal > Nota Prestação Serviço.
No site da prefeitura, se for utilizar o arquivo por CSV deve selecionar o layout V.004.