O SPED contábil trata as informações da matriz e filiais como uma única empresa. Ou seja não possui a separação dos lançamentos que foram feitos na matriz, dos lançamentos que foram feitos na filial. Portanto, se efetua a importação dos lançamentos pela rotina da Integração ECD, caso deseja separar os lançamentos por estabelecimento, deve ser feito via lote, após a importação.

Para isso irá acessar Movimento > Contábil > Lançamentos Lote > Adicionar um lote na data desejada para transferir os lançamentos e irá efetuar a transferência dos saldos conforme precisar. 

Exemplo, conta caixa veio com saldo de R$50.000. Mas desse valor R$30.000 pertence a matriz, e a filial R$20.000,00. No lote irá selecionar a a conta caixa no crédito, e o estabelecimento da matriz e salvar

Em sequência poderá selecionar o estabelecimento da filial, debitando a conta do caixa.

E assim pode ser feito sucessivamente para a transferência de saldo de cada conta.